實際上，微生物就像一臺臺小小的加工機，對食物的每個細胞挨個進行處理，增加一些有營養的物質、去除一些沒營養的物質，順便改變味道和質地。
發酵是人類巧妙地利用微生物，使食品中原有的營養成分發生改變并產生新的獨特風味的過程。
發酵時微生物分泌的酶能裂解細胞壁，提高營養素的利用程度。如肉和奶等食品，在發酵過程中就可將原有的蛋白質進行分解，易于消化吸收，微生物還能合成一些b族維生素，特別是維生素b12，動物和植物自身都無法合成這一維生素，只有微生物能“生產”。所以發酵食品是人體所需維生素b12的主要來源。
發酵食品一般脂肪含量較低，因為發酵過程中要消耗碳水化合物的能量，是減肥人士的首選健康食品。
在發酵過程中，微生物保留了原來食物中的一些活性成分，如多糖、膳食纖維、生物類黃酮等對機體有益的物質，還能分解某些對人體不利的因了。微生物新陳代謝時產生的不少代謝產物，多數有調節機體生物功能的作用，能抑制體內有害物的產生。
如發酵后的饅頭、面包就比大餅、面條等沒有發酵的食物營養更豐富，原因就在于所使用的酵母。實驗證明，酵母不僅改變了面團結構，讓它們變得更松軟好吃，同時，酵母富含多種維生素、礦物質和酶類。每1千克干酵母所含的蛋白質，相當于5千克大米、2千克大豆或2．5千克豬肉的蛋白質含量。因此，饅頭、面包中所含的營養成分比大餅、面條要高出3、4倍，蛋白質增加近2倍。發酵后的酵母還是一種很強的抗氧化物，可以保護肝臟，有一定的解毒作用。酵母里的硒、鉻等礦物質能抗衰老、抗腫瘤、預防動脈硬化，并提高人體免疫力。而且，發酵后的面包與饅頭，使血粉里原有的一種影響鈣、鎂、鐵等元素吸收的植酸被分解，從而提高人體對這些營養物質的吸收和利用。
發酵食品中甜面醬及米醋等食品，它們當中富含蘇氨酸等成分，可以防止記憶力減退。醋是中國人發明的一種發酵食品，其主要成分是多種氨基酸及礦物質，它們也能達到降低血壓、血糖及膽固醇之效果。
至于發酵類的豆制品，包括豆姒、醬油、豆豉、腐乳等。含有豐富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到預防動脈硬化、降低血壓之功效。
豆類發酵之后，能參與維生素k合成，這樣可使骨骼強壯，防止骨質疏松癥的發生。
酸牛奶、奶酪含有乳酸菌等成分，能抑制腸道腐敗菌的生長，還含有可抑制體內合成膽固醇還原酶的活性物質，又能刺激機體免疫系統，調動機體的積極因素，有效地預防癌癥。所以，經常食用酸牛奶，可以增加營養，防治動脈硬化、冠心病及癌癥，降低膽固醇。利用乳酸菌來發酵的食品，其任何一種東西均可調整腸腔內菌群的平衡，增加腸蠕動，使大便保持通暢，預防大腸癌等的發生。