紫芽普洱茶和紫娟茶簡單說來最大的區別在于：紫芽是因氣候和季節變化引發的基因突變，天然變異而成。紫娟則是由人工培育馴化而成。
上圖為：紫娟茶和紫芽茶 茶樹的對比和區別
紫芽與紫娟最明顯是區別是，前者是天然的，后者是人工行為。普洱茶紫芽是云南大葉種隨氣候變化導致的變異芽體，數量非常稀有，即便是千年古茶樹，也少有發現紫芽的。紫芽湯色金黃、口感厚重、滋味飽滿，花青素含量很高，有較高的保健價值。紫娟和紫芽在葉型葉脈也不相同：
紫娟：葉身薄而葉脈不明顯。
上圖為紫娟和紫芽毛茶的區別：紫娟毛茶的枝葉較細，紫芽毛茶的枝葉較粗壯些，顏色接近普洱茶古樹的曬青毛茶
紫芽：葉身墨綠深厚，葉脈突顯與栽培野生茶類似。 1985年，云南開始借鑒烏龍茶的培育經驗，研究培育出了新的大葉品種“紫娟”。據云南省茶葉研究所生化室分析，由紫娟茶樹品種春茶一芽二葉所制蒸青樣中茶多酚含量為35.52%，氨基酸3.49%，水浸出物44.58%；夏季紅碎茶中茶黃素含量為0.91%，茶紅素6.99%，茶褐素5.86%，感官鑒定濃強度得分為34.7分，鮮爽度得分為37.6分。
紫娟湯色：紫色，湯質薄帶明顯苦昧．
上圖為紫娟茶和紫芽茶湯色上面的區別
紫芽湯色：金黃，湯質厚重、口感飽滿、回韻足，茶質介于栽培野生茶與野放茶之間
紫鵑香氣純正，澀味少，滋味足，加之降低血壓的功效明顯，此后在云南許多茶園被廣泛培育。