在自然界中有種生物叫微生物，在日常生活中人們都沒有注意這類生物，但這類生物在人們日常中又是必不可少的。很多食物與這些微生物都有著密切的關系，茶葉是我們日常生活中的必要茶飲，而與微生物關系最密切的就是普洱茶了，那普洱茶與微生物之間的密切關系是怎樣的呢？普洱茶有分生茶與熟茶兩大類，而生茶是未經發酵直接制作而成的，但熟茶是經渥堆發酵而成的！在這發酵的過程中就會有微生物的產生，而這些微生物就會改變其茶葉中的成分，導致生茶熟茶之間的差別，而普洱茶甘甜、醇厚的味道也依賴于這些微生物。這就是普洱茶與微生物之間的密切關系。
在普洱茶的品質形成中微生物起了重要作用。可以這么說，沒有微生物就沒有普洱茶。
有益的微生物對人體的作用表現在普洱茶上主要有兩方面：
第一是形成普洱茶良好品質的特征，甘滑、醇厚和陳香等特點;
第二是代謝有益物質于普洱茶中增強普洱茶保健功效，形成茶類中的特色茶。
云南普洱茶渥堆過程中微生物類群復雜種別繁多，主要微生物有黑曲霉、青霉屬、根霉屬、灰綠曲霉、酵母屬、細菌類。細菌數目極少，沒有發現致病細菌。
這些微生物中，如黑曲霉、酵母菌、根霉在不同的環境條件下或加工過程中優勢菌群在不同的階段的作用，最終形成了目前現行廠家不同的多樣性普洱茶。
微生物直接影響普洱茶品質風味和保健功效的形成：
（1）黑曲霉的數量，在普洱茶發酵渥堆過程中始終處于優勢地位。它能產生20多種水解酶，水解產物大多為單糖、氨基酸、果糖等。使茶葉內含成分易于滲出、擴散，為增加茶湯滋味和形成普洱茶干滑、醇厚品質特色奠定了基礎。
（2）青霉屬能產生酶和有機酸，其中產生的黃青霉對雜菌和腐敗菌有消除和抑制作用。所以，黃青霉對普洱茶醇和品質形成有輔助作用。
（3）根霉的淀粉酶活性高，能產生有機酸和芳香的酯類物質，有利于普洱茶粘滑和醇厚品質形成。
（4）灰綠曲霉會使食品腐爛變質，該菌種只要控制好堆溫，改善制茶環境衛生就能保證普洱茶純正的口感。
酵母屬是普洱茶品質形成的重要菌種。普洱茶甘甜、醇厚、陳香的品質特點直接與酵母菌息息相關。