普洱茶由于其特殊的生產工藝中有微生物參與，國際上對其安全性尚不清楚。我國專家對普洱茶產品進行了遺傳毒性安全性研究，結果證明，正規廠家生產的普洱茶是比較安全的。
西南農業大學茶葉研究所所長劉勤晉教授在２５日的云南省首屆普洱茶國際研討會上說，普洱茶被冠以減肥茶美容茶等美稱，大批出口，成為我國重要的出口茶類。普洱茶作為我國傳統食品，已有較久的安全食用歷史，目前尚沒有相關的流行病毒性調查及食用毒害事例報告。但由于普洱茶生產中有一個系列微生物參與的渥堆工序，增加了成品中生化成分的復雜性和鑒定的難度，這些微生物的代謝途徑和產物有待進一步研究，普洱茶的長期貯存與其安全飲用期之間的關系也不清楚。
劉勤晉還說，為保證普洱茶質量衛生標準高質量與國際接軌，有效沖破國際上一些借口衛生質量問題的技術壁壘，自己與同事一起，對代表性廠家生產的１年、５年和１０年三個普洱茶產品進行了遺傳毒性安全性評價研究。４個茶樣的小白鼠骨髓微核試驗、畸形精子試驗等試驗結果均為陰性，表明所測試的普洱茶樣和烘青綠茶樣，對原核細胞、真核細胞和生殖細胞都沒有致突變性，排除了普洱茶對引起染色體斷裂損傷、基因堿基置換、移碼等致突變性，從遺傳毒性證明４個茶樣具有較高的食用安全性，表明正規廠家生產的普洱茶是較安全的。